対象の従業員が休職したら助成金はどうなる？【2026年版】｜病気・ケガ・育休ごとの支給への影響

結論から言うと、対象の従業員が休職しても、助成金が自動的に受給できなくなるわけではない。ただし、休職の理由（病気・ケガ・育児休業など）と、休職が起きたタイミング（申請前か、支給決定前か）によって、支給への影響は大きく変わる。とくに注意したいのは、助成金の多くが「一定期間、対象の労働者を雇用し、賃金を支払っていること」を前提にしている点である。休職中に賃金が支払われない期間は、その前提に影響する可能性がある。この記事では、休職の種類ごとに、助成金への影響の考え方を整理する。

結論：休職の「理由」と「タイミング」で影響が変わる

まず全体像を整理する。休職があった場合の影響は、おおむね次の3つの観点で決まる。

つまり「休職＝不支給」ではなく、「制度ごとに、雇用継続と賃金支払いの要件をどう満たすか」が本質になる。休職者が出た時点で、申請を予定している助成金の要件を必ず確認し直すことが重要である。

病気・ケガによる休職の場合

私傷病（業務外の病気やケガ）で休職する場合、雇用契約は継続していることが多く、雇用保険の被保険者資格も原則として維持される。ただし助成金の要件との関係では、次の点が問題になりやすい。

• 休職期間中は賃金が支払われない、または大幅に減るケースが多く、賃金支払い実績を求める制度では影響が出る可能性がある
• 助成金が、一定期間の継続雇用（たとえば転換後の一定期間、賃金を支払っていること）を要件にしている場合、休職期間がその期間に含まれるかどうかが論点になる
• 休職が長期化して退職に至った場合は、雇用が継続していないため、要件を満たせなくなる

業務中のケガや病気（労災）による休業の場合は、労災保険から休業補償が支給される点も含めて、会社が支払う賃金との関係が個別に確認されることになる。傷病手当金や休業補償が支給されている期間の扱いは、制度ごとの支給要領で確認するのが確実である。

具体的な対応の考え方としては、次のとおりである。

1. 1. 休職の開始日と見込み期間を、申請予定の助成金の要件期間と照らし合わせる
2. 2. 休職期間が要件期間に重なる場合、そのまま申請できるか、復職後に申請するかを検討する
3. 3. 労働局や専門家に事前に確認し、判断の根拠をメモとして残しておく

育児休業・産前産後休業による休職の場合

育児休業や産前産後休業は、私傷病による休職とは性格が異なる。国は育児・介護と仕事の両立を支援するため、育休の取得や職場復帰を後押しする助成金を用意している。つまり、育児休業は「助成金の対象を妨げるもの」ではなく、「助成金の対象になり得るもの」である。

代表的な整理は次のとおりである。

育休関連の助成金の詳細は、育休・産休・両立支援で使える助成金まとめ【2026年版】｜従業員が安心して休める職場環境づくりで受給できる制度を徹底解説で、制度別の申請方法は両立支援等助成金「育児休業等支援コース」の申請方法【2026年版】｜育休復帰支援プランの作り方と手続きで解説している。金額は年度ごとに改正されるため、最新の支給要領で確認してほしい。

なお、育児休業給付金は雇用保険から本人に支給されるものであり、事業主が受け取る助成金とは別の制度である。ここを混同すると、会社が受け取れる金額の見込みを誤ることがある。

休職のタイミング別：申請前・申請後・支給決定前で何が変わるか

同じ休職でも、助成金の手続きのどの段階で起きたかによって、対応が変わる。

• 計画届や事前申請の前に休職が始まった場合：対象労働者を確定できない、あるいは要件期間を満たせない可能性がある。復職後に改めて計画を立て直す選択肢を考える
• 要件期間の途中で休職が始まった場合：期間の通算や賃金支払い実績の扱いが論点になる。制度ごとの支給要領で確認が必要
• 支給申請後、支給決定前に休職が始まった場合：申請時点で要件を満たしていれば、その後の休職が直ちに不支給につながるとは限らない。ただし、審査中に状況の報告を求められる可能性がある
• 支給決定後に休職・退職した場合：原則として支給済みの助成金には影響しにくいが、制度によっては一定期間の継続雇用が求められ、要件違反の場合に返還を求められる例もある

支給後の返還リスクについては、キャリアアップ助成金の対象者が退職したら？【2026年版】返還リスクと対策も併せて確認しておくとよい。

休職者が出たときに会社が取るべき対応

休職が発生した時点で、会社側が最初にやるべきことは次の5つである。

1. 1. 休職の種類と期間を記録する：私傷病・育休・介護休業などの区別と、開始日・終了予定日を書面で残す
2. 2. 雇用保険・社会保険の手続きを確認する：休職中も被保険者資格が継続しているかを確認する
3. 3. 賃金の支払い状況を整理する：休職期間中の賃金の有無、傷病手当金や休業補償の受給状況を賃金台帳に反映する
4. 4. 申請予定の助成金の要件を再確認する：要件期間、賃金支払い実績、継続雇用の条件が休職の影響を受けないかを確かめる
5. 5. 就業規則の休職規定を見直す：休職の期間や復職の条件が明確に定められているか確認する

書類の整合性は助成金の審査の基本である。賃金台帳や出勤簿の整え方は、助成金申請に必要な「賃金台帳・出勤簿」整備ガイド【2026年版】｜審査で落とされないための正しい作成方法が参考になる。

休職を見越した計画のたて方

休職の可能性は、どの会社でもゼロではない。助成金の申請を計画するときは、次のような工夫でリスクを減らせる。

• 対象労働者が複数いる場合、特定の1人に依存しない計画にする
• 申請のタイミングを、要件期間を満たした直後に設定し、期間をあけすぎない
• 就業規則に休職規定を明確に定め、復職や退職の扱いを事前に整理しておく
• 書類を月ごとに整理し、休職があっても経緯が説明できる状態にしておく

こうした準備は、助成金のためだけでなく、労務管理の基本としても意味がある。判断に迷う場合は、社会保険労務士など専門家への相談が確実である。

休職を理由にした「支給申請の先送り」は慎重に判断する

休職者が出ると、申請そのものを先送りにしたくなる場面がある。しかし助成金には申請期限があり、要件期間を満たした日の翌日から一定期間内に申請しなければならない制度が多い。復職を待つ間に期限を過ぎてしまうと、要件を満たしていても受給できなくなる。先送りを決める前に、次の3点を必ず確認したい。

• 申請期限がいつまでか（制度ごとに起算日と期間が異なる）
• 復職の見込み時期と、期限との前後関係
• 休職者を除いた形で、他の対象者だけ先に申請できないか

休職者を除いて申請できる場合は、休職中の従業員に関する部分を後日の別申請に回すことで、受給機会を失わずに済む可能性がある。この判断は制度ごとの支給要領や労働局の運用に左右されるため、自己判断で決めず、事前に窓口や専門家へ確認しておくと安心である。休職と復職をめぐる状況は個別性が高く、一般論だけで結論を出せない点は心にとめておきたい。

よくある質問（FAQ）

Q1. 従業員が休職すると、すでに申請した助成金は取り消されますか？

A. 申請時点で要件を満たしていれば、その後の休職が直ちに取り消しにつながるとは限らない。ただし制度や状況によって扱いが異なるため、労働局や専門家に確認するのが安全である。

Q2. 育休を取った従業員は、助成金の対象から外れますか？

A. 外れるとは限らない。育休の取得や復職を支援する助成金があり、むしろ対象になる場合がある。ただし他の助成金の要件期間と重なる場合は確認が必要である。

Q3. 休職中に賃金を支払っていない期間は、助成金の要件に影響しますか？

A. 賃金の支払い実績を要件とする制度では、影響する可能性がある。制度ごとに賃金の算定期間や支払い実績の考え方が異なるため、最新の支給要領で確認してほしい。

Q4. 休職から復職した後で、助成金の申請をやり直せますか？

A. 制度によっては、復職後に要件期間を満たしてから申請できる場合がある。申請期限が定められているため、期限内かどうかを必ず確認する必要がある。

Q5. 傷病手当金を受給している従業員の扱いはどうなりますか？

A. 傷病手当金は健康保険から本人に支給されるもので、会社が支払う賃金とは別である。助成金の要件上の賃金支払い実績にどう影響するかは制度ごとに異なるため、個別に確認が必要である。

まとめ｜助成金・補助金の申請はTrue Partnersに相談を

対象の従業員が休職した場合、助成金の受給が自動的に不可能になるわけではなく、休職の種類と時期、そして制度ごとの要件によって影響が変わる。育休のように、助成金の対象になり得る休職もある。判断に迷う場合は、要件を確認しながら進められるよう、専門家に相談することも選択肢になる。

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