助成金・補助金を受け取ったとき、経理担当者がまず迷うのが「どの勘定科目で処理すればいいのか」という点です。結論から言うと、助成金・補助金の入金は原則として雑収入（または補助金収入・国庫補助金受贈益などの科目）で営業外収益として計上し、消費税は不課税取引として扱います。ただし、設備投資に充てた補助金には圧縮記帳という選択肢があり、決算をまたぐ場合は未収入金の計上タイミングにも注意が必要です。本記事では、助成金・補助金の会計処理の基本を、仕訳例つきで整理します。
なお、税務上の取り扱いは制度や会社の状況によって細部が変わるため、最終的な判断は必ず顧問税理士に確認してください。本記事は一般的な処理の考え方を解説するものであり、個別の税務相談に代わるものではありません。
助成金・補助金は何の勘定科目で処理するのか
助成金・補助金の入金は、売上ではなく「本業以外の収入」として扱うのが基本です。具体的には以下のような科目が使われます。
- 雑収入：多くの中小企業で採用される最も一般的な科目。金額の大小を問わず幅広く使える
- 補助金収入：独立した科目として区分したい場合に新設することもある
- 国庫補助金受贈益：国や地方公共団体から交付される補助金を明確に区分する場合に使われる科目
どの科目を使うかは会社の会計方針次第ですが、重要なのは「毎期一貫した処理をすること」です。ある年は雑収入、翌年は補助金収入といった具合に科目をころころ変えると、決算書の比較可能性が下がり、税務調査でも指摘を受けやすくなります。
助成金と補助金は、助成金と補助金と給付金の違いを徹底解説【2026年】で解説している通り、根拠となる制度や交付元が異なりますが、会計処理上はどちらも同じ「営業外収益」の枠組みで扱われるのが一般的です。
消費税の取り扱い｜助成金は不課税取引
助成金・補助金を受け取った際に必ず押さえておきたいのが、消費税の取り扱いです。
助成金・補助金は「資産の譲渡等の対価」ではないため、消費税法上は不課税取引に分類されます。つまり、受け取った助成金に消費税は一切かかりません。仕訳を切る際も、消費税区分は「不課税」または「対象外」を選択します。
ここでよくある誤解が、「補助金で機械を購入したから、その分の消費税は控除できないのでは」という点です。補助金で購入した設備であっても、通常の課税仕入れとして仕入税額控除の対象になります（補助金の交付自体と、それを原資とした支出の消費税処理は別物と考える）。ただし、消費税の還付を受けた分を補助金の対象経費から差し引く必要がある制度もあるため、交付要綱の記載を必ず確認してください。
助成金の収益認識のタイミング｜いつ収益に計上するか
助成金・補助金の収益をいつ計上するかは、実務上もっとも判断に迷うポイントです。基本的な考え方は以下の通りです。
| 状況 | 収益計上のタイミング | 実務上のポイント |
|---|---|---|
| 支給決定通知が到着した時点 | 支給決定日を含む事業年度 | 原則的な考え方。入金前でも「支給決定」で収益を認識する |
| 支給決定前に入金だけ先行 | 実際には稀（概算払い制度を除く） | 交付要綱の入金条件を確認 |
| 決算日をまたいで支給決定が出た場合 | 決算日時点で決定通知がなければ翌期計上 | 決算日基準で厳密に区切る |
| 交付決定と確定額が異なる制度 | 額の確定時点で差額を調整 | 概算額で先に計上し、確定時に差額計上するケースもある |
原則として「支給決定日」を基準に収益を認識するのが一般的な実務です。申請しただけの段階や、審査中の段階では収益計上しません。これは、助成金の評価期間・支給対象期間の考え方とも密接に関わる論点で、支給申請書を提出してから実際に決定が出るまでの期間を把握しておくと、決算をまたぐケースを事前に予測しやすくなります。
決算をまたぐ場合の未収入金計上
助成金は「支給決定から実際の入金まで数ヶ月かかる」ことが珍しくありません。決算日時点ですでに支給決定が出ているものの、入金がまだの場合は、決算日をまたいだ処理が必要になります。
具体的には、支給決定日が属する事業年度で収益を計上し、相手勘定として「未収入金」を計上します。入金があった翌期には、未収入金を取り崩す仕訳を切ります。この処理を怠ると、決算書上の収益と実際のキャッシュフローにズレが生じ、資金繰り管理がしづらくなります。特に年度末近くに支給決定が集中しやすい制度もあるため、経理担当者は年度末の2〜3ヶ月前から「申請中の助成金・補助金の進捗一覧」を作成しておくと安心です。
支給決定から入金までの期間が長い制度では、助成金の入金までのつなぎ資金対策【2026年版】も参考に、資金繰りとあわせて経理側の計上タイミングを整理しておくとよいでしょう。
圧縮記帳の考え方｜設備投資に補助金を使う場合
設備投資のために補助金を受け取った場合、そのまま雑収入として計上すると、補助金を受け取った年度に多額の利益が発生し、法人税の負担が急に重くなることがあります。これを緩和する制度が「圧縮記帳」です。
圧縮記帳は、補助金相当額を固定資産の取得価額から控除（圧縮）することで、補助金受取時の税負担を将来の減価償却期間に分散させる仕組みです。あくまで課税の「繰延べ」であり、免除ではない点に注意してください。
| 処理方法 | 補助金受取時の利益への影響 | 将来への影響 |
|---|---|---|
| 圧縮記帳をしない | 受取年度に補助金全額が利益に反映され、税負担が一時的に増える | 資産の減価償却費は通常通り計上できる |
| 圧縮記帳をする | 受取年度の税負担を圧縮できる | 資産の帳簿価額が下がり、将来の減価償却費が減る（トータルの税負担は変わらない） |
圧縮記帳の適用要件は補助金の種類によって異なり、すべての補助金が対象になるわけではありません。適用可否や具体的な仕訳処理は、必ず顧問税理士と相談のうえで判断してください。
助成金・補助金の仕訳例
実務でよく使われる仕訳パターンを整理します。あくまで一般的な例であり、勘定科目名は会社の会計方針に応じて読み替えてください。
| 場面 | 借方 | 貸方 | 備考 |
|---|---|---|---|
| 支給決定通知を受領（未入金） | 未収入金 ×××円 | 雑収入 ×××円 | 消費税区分は不課税 |
| 実際に入金があった | 普通預金 ×××円 | 未収入金 ×××円 | 未収入金を取り崩す |
| 支給決定と同時に入金があった | 普通預金 ×××円 | 雑収入 ×××円 | 未収入金を経由しない |
| 概算払いを受けた後、確定額が下振れした | 雑収入 ×××円（減額） | 未払金 ×××円 | 返還が必要な場合 |
| 補助金で機械を購入し圧縮記帳を行う | 固定資産圧縮損 ×××円 | 機械装置 ×××円 | 圧縮記帳適用時の一例 |
助成金の受給には支給申請書の提出が前提になります。書類の記入例は助成金「支給申請書」記入例・書き方完全ガイドで確認できます。申請書の提出日と支給決定日は別物なので、経理担当者は労務担当や申請代行者と情報共有しておくとスムーズです。
経理担当者が注意すべき実務ポイント
最後に、助成金・補助金の会計処理でつまずきやすいポイントをまとめます。
- 収益認識日を明確にルール化する：支給決定日基準か入金日基準か、社内で統一する
- 消費税区分の設定ミスに注意：会計ソフトで自動的に課税取引に分類されてしまうケースがあるため、入力時に必ず不課税区分を確認する
- 複数年度にまたがる制度は進捗管理表を作る：申請日・決定予定日・入金予定日を一覧化しておく
- 圧縮記帳の適用可否は都度判断：対象となる補助金かどうか、税理士に確認してから処理する
- 返還義務が生じるケースに備える：目標未達などで助成金の一部返還が必要になった場合の仕訳もあらかじめ想定しておく
助成金・補助金は件数が増えるほど経理処理が煩雑になります。制度ごとに交付元や入金サイクルが異なるため、自社だけで正確に管理しきるのが難しいと感じる場合は、申請段階から専門家に相談する選択肢もあります。
よくある質問（FAQ）
Q1. 助成金は益金として法人税の課税対象になりますか？
A. はい。助成金・補助金は原則として法人税法上の益金に算入され、課税対象になります。消費税は不課税ですが、法人税は別の話である点に注意してください。
Q2. 個人事業主の場合、助成金はどの科目で処理しますか？
A. 個人事業主でも考え方は同様で、「雑収入」として事業所得の計算に含めるのが一般的です。青色申告決算書上も雑収入の欄に計上します。
Q3. 助成金の入金が翌期になった場合、消費税の申告にも影響しますか？
A. 助成金自体は不課税取引のため消費税の課税売上高には含まれません。ただし、簡易課税制度における事業区分の判定などに間接的な影響が出るケースもあるため、税理士に確認するのが安全です。
Q4. 圧縮記帳をすると税金が安くなりますか？
A. 圧縮記帳は税負担を将来に繰り延べる制度であり、トータルの税額が減るわけではありません。受取年度の資金繰りを楽にする効果はあります。
Q5. 助成金の返還が発生した場合の仕訳はどうすればよいですか？
A. すでに収益計上した金額のうち返還対象となる部分を取り消す仕訳（雑収入の減額と未払金または預金の減少）を行います。返還理由や時期によって処理が異なるため、個別に税理士へ相談してください。
まとめ｜助成金・補助金の申請はTrue Partnersに相談を
助成金・補助金の会計処理は、収益認識のタイミングや消費税区分、圧縮記帳の要否など、実務上の判断ポイントが多く存在します。まずは自社が対象となる制度を正しく把握し、支給決定から入金までのスケジュールを見える化することが、経理処理をスムーズにする第一歩です。
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